Kompetisi Liga Indonesia VI (Liga Bank Mandiri) yang digelar tahun 1999-2000 menjadi musim ke-12 Arema setelah didirikan pada 11 Agustus 1987. Perjalanan Arema di Ligina VI berakhir di babak 8 besar (peringkat ke-3), lebih baik dari pencapaian di Ligina V.
Kompetisi Ligina musim keenam ini diikuti oleh 28 tim peserta, termasuk Arema yang memakai nama Arema Malang saat itu. Peserta kompetisi dibagi menjadi dua grup, Wilayah Barat, dan Wilayah Timur yang masing-masing grup diisi 14 tim.
Arema di Ligina VI mampu mengumpulkan 47 poin di babak penyisihan grup Wilayah Timur. Total, Arema yang kala itu dilatih Muhammad Basri, mampu memenangkan 14 laga, lima kali imbang, dan tujuh sisanya berakhir dengan kekalahan. Arema sanggup melesakkan 31 gol, dan kebobolan 18 gol.
Sementara, pada babak 8 besar, Arema tergabung satu grup bersama Persikot Tangerang, Persija Jakarta, dan Pelita Solo. Skuad Singo Edan hanya menempati peringkat ketiga dan gagal lolos. Mereka hanya menuai empat poin setelah sekali menang, sekali imbang, dan sekali kalah.
Pertandingan Arema di Ligina VI (1999-2000)
Putaran I
7 November 1999 Arema 1-0 Persema (Yoseph Iyai 31)
11 November 1999 Arema 2-0 Gelora Dewata (Rodrigo Araya 35, 85)
21 November 1999 Persipura 2-1 Arema (Edward Ivak Dalam 39, Albert Yom 60 – Charles Essomba Atangana 75)
25 November 1999 PSM 1-0 Arema (Miro Baldo Bento 44 PK)
28 November 1999 Persma 1-0 Arema (E Maboang Kessack 30)
16 Januari 2000 PKT 3-0 Arema (Achmad Junaidi 20, Martin Tao 25, Fachri Husaini 66)
20 Januari 2000 Pusam 1-0 Arema (Tony Mulyadi 31)
30 Januari 2000 Arema 1-0 Barito (Juan Rubio 32)
7 Februari 2000 Arema 2-0 Petrokimia (Pacho Rubio 13, 42)
13 Februari 2000 PSIS 0-1 Arema (Pacho Rubio 15)
17 Februari 2000 Pelita 1-1 Arema (Seto Nurdiantoro 55 – Harianto 54)
20 Februari 2000 PSIM 0-0 Arema
19 Maret 2000 Arema 1-0 Persebaya (Joko Susilo 26)
Putaran II
29 Maret 2000 Persema 1-2 Arema (Amin Zakaria 55 – Rodrigo Araya 32, 69)
2 April 2000 Gelora Dewata 3-1 Arema (Misnadi Amrizal 40, 62, Puji Purnawan 75 – Juan Rubio 64)
6 April 2000 Arema 0-0 PSM
12 April 2000 Arema 3-0 Persma (Charles Essomba Atangana 39, 46, Onana Denis Jules 49 OG)
16 April 2000 Arema 2-1 Persipura (Rodrigo Araya 50, Charis Yulianto 68 – Urbanus Kuwaub 41)
26 April 2000 Arema 3-1 PKT (Joko Susilo 21, Pacho Rubio 23, 24 – Aris Budi Prasetyo 76)
30 April 2000 Arema 1-0 Pusam (Juan Rubio 59)
10 Mei 2000 Persebaya 1-0 Arema (Uston Nawawi 84)
14 Mei 2000 Barito 0-2 Arema (Charles Essomba Atangana 26, Juan Manuel Rubio 30)
21 Mei 2000 Arema 0-0 Pelita
25 Mei 2000 Arema 4-0 PSIM (I Putu Gede 11, Joko Susilo 17, Rudy Haryantoko 59, Ayub Khan 89)
28 Mei 2000 Arema 3-2 PSIS (I Putu Gede 16, Rodrigo Araya 31, 74 PK – Setiawan 28, Arlison Olivera 38)
4 Juni 2000 Petrokimia 0-0 Arema
Klasemen Akhir Ligina VI
Wilayah Barat
1. Persija Jakarta 26 14 9 3 48-27 51 (lolos ke babak 8 besar)
2. Persijatim Jakarta Timur 26 14 4 8 49-27 46 (lolos ke babak 8 besar)
3. Persikota Tangerang 26 13 6 7 40-21 45 (lolos ke babak 8 besar)
4. PSMS Medan 26 12 9 5 34-21 45 (lolos ke babak 8 besar)
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
5. PSPS Pekanbaru 26 13 6 7 41-36 45
6. Semen Padang 26 11 11 4 38-20 44
7. Persiraja Banda Aceh 26 12 2 12 31-33 38
8. Persib Bandung 26 8 8 10 22-21 32
9. PSBL Bandar Lumpung 26 8 6 12 23-39 30
10. PSDS Deli Serdang 26 7 7 12 38-42 28
11. Persikab Bandung 26 7 7 12 24-37 28
12. PSP Padang 26 6 8 12 21-31 26
——————————————————-
13. Indocement Cirebon 26 6 7 13 22-36 25 (degradasi)
14. Medan Jaya 26 4 4 18 19-59 16 (degradasi)
Wilayah Timur
1. PSM Ujung Padang 26 16 8 2 41-13 56 (lolos ke babak 8 besar)
2. Arema Malang 26 14 5 7 31-18 47 (lolos ke babak 8 besar)
3. PKT Bontang 26 15 3 8 45-25 45 (lolos ke babak 8 besar)
4. Pelita Solo 26 12 9 5 31-18 45 (lolos ke babak 8 besar)
– – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – – –
5. Persipura Jayapura 26 11 7 8 37-24 40
6. Persebaya Surabaya 26 9 8 9 31-25 35
7. Persma Manado 26 10 5 11 34-29 35
8. Persema Malang 26 8 10 8 27-26 34
9. Barito Putra Banjarmasin 26 9 5 12 22-35 32
10. Petrokimia Putra Gresik 26 8 7 11 27-38 31
11. Putra Samarinda 26 8 4 14 28-42 28
12. Gelora Dewata Denpasar 26 7 6 13 25-41 27
——————————————————-
13. PSIS Semarang 26 6 6 14 22-32 24 (degradasi)
14. PSIM Yogjakarta 26 4 7 15 15-50 19 (degradasi)
Babak 8 Besar
Grup Timur (Stadion Mattoangin, Makassar)
1. PSM Ujung Padang 3 3 0 0 8- 4 9 (lolos ke babak semifinal)
2. PKT Bontang 3 1 1 1 4- 4 4 (lolos ke babak semifinal)
3. Persijatim Jakarta 3 0 2 1 3- 5 2
4. PSMS Medan 3 0 1 2 2- 4 1
Grup Barat (Stadion Utama Senayan, Jakarta)
9 Juli 2000 Arema 2-1 Persija Jakarta (Pacho Rubio 2 gol – Imran Nahumarury)
11 Juli 2000 Persikota Tangerang 1-1 Arema (Pacho Rubio)
13 Juli 2000 Arema 0-3 Pelita Solo
1. Persikota Tangerang 3 1 2 0 3-2 5 (lolos ke babak semifinal)
2. Persija Jakarta 3 1 1 1 4-4 4 (lolos ke babak semifinal)
3. Arema Malang 3 1 1 1 3-5 4
4. Pelita Solo 3 1 0 2 4-3 3
Babak Semifinal
Stadion Senayan, Jakarta, 20 Juli 2000
Persija Jakarta 0-1 PSM Ujung Pandang
Persikota Tangerang 3-4 PKT Bontang
Babak Final
Stadion Utama Senayan, Jakarta, 23 Juli 2000 (30.000)
PSM Ujung Pandang 3-2 PKT Bontang
(Kurniawan 39, 62, Rachman Usman 55 – Aries Budi Prasetyo 75, Fachry Husaini 80 PK)
Wasit: Djadjat Sudrajat
Top Skorer
24 gol: Bambang Pamungkas (Persija Jakarta)
23 gol: Kurniawan Dwi Yulianto (PSM Ujung Pandang)
15 gol: Mourmoda Marco (PSPS Pekanbaru), I Komang Mariawan (Persikota Tangerang)
13 gol: Founda Ntsama (Gelora Dewata), Marthen Tao (PKT Bontang), Andi Kopouw (Persipura Jayapura), Abdul Manan (Persijatim)
10 gol: Jacksen F Tiago (Persebaya Surabaya), Imam Faisal (PSDS Deli Serdang), Bako Sadissou (Pelita Solo), Miro Balodo Bento (PSM Makassar)
Pemain Terbaik
Bima Sakti (PSM Ujung Pandang)
Top Skorer Arema
Pacho Rubio 8 gol
Rodrigo Araya 7 gol (1 gol dari penalti)
Charles Essomba Atangana 4 gol
Juan Manuel Rubio 4 gol
Joko Susilo 3 gol
I Putu Gede 2 gol
Yoseph Iyai 1 gol
Harianto 1 gol
Charis Yulianto 1 gol
Rudy Haryantoko 1 gol
Ayub Khan 1 gol
Susunan Manajemen Arema
Manajer: Gandi Yogatama
Pelatih: Muhammad Basri
Susunan Pemain Arema
Kiper:
Agung Prasetyo
Hendrik Kotto
Bek:
Juan Manuel Rubio (Chile)
Sunardi C
Charis Yulianto
M Ichsan
Redi Suprianto
Miftahul Huda
Gelandang:
Rudi Haryantoko
Doni Suherman
I Putu Gede
Muhammad Ayyub Khan
Harianto
Nanang Supriyadi
Rodrigo Araya (Chile)
Setyo Budiarto
Penyerang:
Essomba Atangana (Kamerun)
Yoseph Iyai
Fransisco Rodriguez Pacho Rubio (Chile)
Joko Susilo
M Rochim (putaran pertm)