SMPK Sang Timur bediri pada awal Januari 1967. Dulunya, sekolah yang berlamatkan di Jalan Bandung No. 2 Kelurahan Penanggungan, Kecamata Klojen, Kota Malang itu menerima siswa putri saja. Sebab, awal mulanya sekolah ini berdiri dengan nama SMPK Putri Sang Timur.
SMP yang menempati lahan 1.040 m2 ini didirikan untuk menjawab kebutuhan pendidikan masyarakat Malang, dan secara khusus menampung para lulusan SDK Sang Timur Malang yang telah berdiri lebih dahulu. Selain itu, sekolah ini juga menerima lulusan SD sekitar komplek Sang Timur. Lantaran adanya rencana Pemerintah Kota Malang untuk memberi bantuan, maka SMPK Putri Sang Timur kala itu turut mengajukan bantuan, baik sarana maupun tenaga pengajar (Dpk). Sekolah ini pun kemudian berubah nama menjadi SMPK Berbantuan Sang Timur.
Sejak tahun 1977, SMPK Berbantuan Sang Timur menerima murid putra sebagai langkah pembauran siswa. Sekolah ini akhirnya mendapatkan status Terakreditasi dan mendapat status Disamakan pada tahun 1985. Enam tahun berselang, SMPK Sang Timur dapat mempertahankan status Disamakan.
Pada saat pertama kali berdiri, SMPK ini dipimpin oleh Kepala Sekolah bernama B.M. Sarseno (1967), dilanjutkan oleh mendiang Sr. Regina PIJ (1968) dan Sr Immaculata PIJ (1969).
Seiring berjalannya waktu, SMPK Sang Timur tetap konsisten dalam mengusung misi berupaya membawa anak-anak dan kaum muda kepada Tuhan. Selain itu, mereka juga punya misi pendampingan siswa intensif untuk membentuk mental-spiritual, kepribadian dan intelektual menjadi manusia yang utuh (integral).
Ada sesuatu yang menjadi ciri khas SMPK Sang Timur, yakni budaya kasih persaudaraan, kegembiraa, kesederhanaan, disiplin, reflektif, dan kreatif. Keakraban dirasakan seluruh warga sekolah. Perhatian lebih dari guru akan diberikan kepada siswa yang bermasalah dalam akademik dan sosial. Kehidupan religius menjadi perhatian khusus sebagai fokus pembiasaan yang utama.
SMPK ini bisa dibilang sebagai pelopor sekolah yang multikultural, yaitu memiliki siswa dari berbagai suku, ras, agama, latar belakang, strata keluarga. Asas penghargaan terhadap martabat-pribadi menjadi pondasi dasar rasa kekeluargaan yang dapat menyatukan seluruh perbedaan yang ada.
Keunggulan sekolah ini adalah pendidikan karakter yang terintegrasi dalam semua mata pelajaran yang diberikan. Selain itu, pendidikan karakter juga merasuk dalam kegiatan ekstrakurikuler sebagai persiapan untuk membekali generasi muda bangsa agar menjadi pribadi yang berintegritas tinggi dan berkarakter.
SMPK Sang Timur Malang juga menjadi perintis dalam pendidikan entrepreneurship di Kota Malang sekaligus di kalangan sekolah-sekolah yang berada di bawah naungan Yayasan Karya Sang Timur. Hal ini dilakukan dengan tujuan pembentukan karakter kreatif, inovatif, mandiri, bertanggung jawab, tangguh menghadapi kesulitan, dan berdaya juang.
