Ajang Copa Indonesia yang digelar tahun 2007 menjadi pengalaman ketiga bagi Arema setelah didirikan pada 11 Agustus 1987. Perjalanan Arema di Copa Indonesia 2007 ini berakhir di putaran kedua, setelah pada dua musim sebelumnya menjadi juara.
Arema hanya menjalani empat pertandingan saja di turnamen ini. Skuad Singo Edan cuma mampu menang sekali, imbang sekali, dan dua sisanya berakhir dengan kekalahan.
Pada putaran pertama pun Arema nyaris gagal lolos setelah sama-sama menang dengan skor yang sama di kandang sendiri dan di kandang lawan. Arema lolos ke babak selanjutnya setelah memenangkan adu tendangan penalti.
Pertandingan Arema di Copa Indonesia 2007
Putaran 1, Zona 3 (Jawa Timur)
17 Mei 2007 (leg pertama).
Arema 2-1 Persiba Bantul (Patricio Morales 16, 78 – Sunar Sulaiman 44).
7 Juni 2007 (leg kedua).
Persiba Bantul 2-1 Arema (Adang Kusnaedi 41, Gonzales 89 – Patricio Morales 24).
NB: Arema akhirnya lolos setelah menang adu penalti 5-6.
Putaran 2, Zona 3 (Jawa Timur)
12 Juni 2007 (leg pertama).
Persekabpas Pasuruan 1-0 Arema.
17 Juni 2007 (leg kedua).
Arema 0-0 Persekabpas Pasuruan.
NB: Arema gagal lolos ke babak selanjutnya, karena kalah agregat 0-1 dari Persekabpas Pasuruan.
Juara Copa Indonesia 2007
Sriwijaya FC
Top Skorer Copa Indonesia 2007
Alberto Goncalvez (Persipura) 6 gol
Pemain terbaik Copa Indonesia 2007
Bambang Pamungkas (Persija Jakarta)
Top Skorer Arema
Patricio Morales 3 gol