Ajang Copa Indonesia yang digelar tahun 2006 menjadi pengalaman kedua bagi Arema setelah didirikan pada 11 Agustus 1987. Perjalanan Arema di Copa Indonesia 2006 ini berakhir sebagai juara, sama seperti di Copa Indonesia 2005.
Arema mampu melewati 11 pertandingan hingga laga final dengan nyaris sempurna. 8 kemenangan diraih dan dua kali hasil imbang dibukukan Arema saat itu.
Satu-satunya tim yang mampu mengalahkan Arema adalah Persekaba Badung. Kekalahan di kandang Persekabar dengan skor 0-1 itu terjadi di leg kedua babak penyisihan putaran 2, di mana gol dilesakkan oleh Pablo Rojas.
Pertandingan Arema di Copa Indonesia 2006
Putaran 1, Wilayah III (Jawa Timur)
17 Mei 2006 (leg pertama)
Persipro Probolinggo 0-2 Arema (Sutaji, Emaleu Serge)
18 Juni 2006 (leg kedua)
Arema 4-0 Persipro Probolinggo (Serge 3, 12, 82, Marthen Tao 11)
Putaran 2
3 Agustus 2006 (leg pertama)
Arema 2-0 Persekaba Badung (Marten Tao 70, Setyo Adi Prastowo 90)
7 Agustus 2006 (leg kedua)
Persekaba Badung 1-0 Arema (Pablo Rojas 15)
Babak Perdelapan Final
11 Agustus 2006 (leg pertama)
Arema 4-0 Persipur Purwodadi (Aries Budi Prasetyo 5 PK, Jomah Ballah 28, Franco Hita 46, Emalue Serge 53)
15 Agustus 2006 (leg kedua)
Persipur Purwodadi 0-2 Arema (Emalue Serge 9, 27)
Babak Perempat Final
1 September 2006 (leg pertama)
Arema 1-0 Persebaya (Emalue Serge 3)
4 September 2006 (leg kedua)
Persebaya 0-0 Arema
Babak Semi Final
8 September 2006 (leg pertama)
PSMS 1-1 Arema (Alcidio Fleitas 75 – Franco Hita 61)
11 September 2006 (leg kedua)
Arema 4-2 PSMS (Jomah Ballah 7, 22, Franco Hita 66, Emalue Serge 78 – Greg Nwokolo 63, 89)
Perebutan Tempat Ketiga
16 September 2006
PSMS 0-2 Persija Jakarta (Erik Mabenga 40, Roger Batoum 55)
Babak Final
16 September 2006, Stadion Gelora Delta, Sidoarjo (20.000 penonton)
Arema 2-0 Persipura Jayapura (Aris Budi Prasetyo 51 PK, Anthony Jomah Ballah 58)
Arema: 31-Achmad Kurniawan; 23-Akira Leonard Soputan, 2-Alexander Pulalo, 4-Andela Atangana Guy De Marie (5-Wasidi 75), 10-Anthony Jomah Ballah (22-Joao Carlos Quintao DS 87), 18-Aris Budi Prasetyo, 3-Erol F X Iba, 14-I Putu Gede (cap), 19-Marthen Tao (15-Firman Utina 79), 11-Emalue Serge, 27-Sutaji.
Bench: 1-Kurnia Sandy; 25-Arif Suyono, 16-Rasmoyo, 29-Sunar Sulaiman.
Persipura: 1-Jendry Pitoy; 9-Cristian Carrasco (19-Anthon Roni Mahuse 13), 24-Christian Worabay, 6-David Darocha, 10-Eduard Ivakdalam (cap), 14-Jack Komboy, 12-Korinus Fingkreuw, 17-M Maully Lessy, 23-Nsangue Raymond (8-Kalamen Yves 71), 4-Ricardo Salampessy, 32-Victor Igbonefo.
Bench: 5-Ardilles Rumbiak, 20-Edy Rosady, 16-Imanuel Wanggai, 15-Paulo Rumere, 18-Ridwan Bauw.
Wasit: Jimmy Napitupulu (Jakarta).
Kartu kuning:
Arema: Akira Leonard Soputan 31, I Putu Gede 52, Anthony Jomah Ballah 59.
Persipura: M Maully Lessy 53, Victor Igbonefo 57, Christian Worabay 64, Ricardo Salampessy 89.
Pemain Terbaik
Aris Budi Prasetyo (Arema)
Top Skorer Copa Indonesia 2006
Emaleu Serge (Arema) (9 gol)
Suporter Terbaik
Top Skorer Arema di Copa Indonesia 2006
Emaleu Serge 9 gol
Jomah Ballah 4 gol
Franco Hita 3 gol
Aries Budi Prasetyo 2 gol (2 gol dari penalti)
Marthen Tao 2 gol
Setyo Adi Prastowo 1 gol
Sutaji 1 gol