Ajang Copa Indonesia yang digelar tahun 2008 menjadi pengalaman keempat bagi Arema setelah didirikan pada 11 Agustus 1987. Perjalanan Arema di Copa Indonesia 2008 ini berakhir di putaran pertama, lebih parah dari gelaran sebelumnya di Copa Indonesia 2007.
Arema hanya menjalani dua pertandingan saja di turnamen ini. Skuad Singo Edan cuma mampu menang sekali, dan satu laga lainnya berakhir dengan kekalahan.
Kegagalan Arema lolos dari putaran pertama tak lepas dari hasil tak terduga di kandang Persibo Bojonegoro. Hanya butuh hasil imbang untuk lolos ke babak selanjutnya karena di leg pertama sudah menang, Arema justru kalah lumayan telak di leg kedua.
Pertandingan Arema di Copa Indonesia 2008
Putaran 1
22 November 2008 (leg pertama).
Arema 2-1 Persibo (Zulkifli Syukur 28, Emaleu Serge 87 – Samsul Arif 84)
26 November 2008 (leg kedua).
Persibo 3-1 Arema (Samsul Arif 27, 65, Varney Pas Boakey 82 – Muhammad Bachtiar)
NB: Arema gagal lolos ke babak selanjudnya karena kalah agregat 3-4 dari Persibo Bojonegoro.
Juara Copa Indonesia 2008
Sriwijaya FC
Pemain Terbaik
Anoure Obiora (Sriwijaya FC)
Top Skorer Copa Indonesia 2008
Syamsul Arif (Persibo Bojonegoro) dan Pablo Frances (Persijap) 8 gol
Top Skorer Arema
Zulkifli Syukur 1 gol
Emaleu Serge 1 gol
Muhammad Bachtiar 1 gol