Tak banyak yang mengetahui jika sejarah SMA Negeri 6 Malang lahir erat hubungannya dengan SMA Negeri 2 Malang (Smanda). Perlu diketahui, SMAN 6 Malang dulunya merupakan cabang dari Smanda yang ada di Jalan Laksamana RE Martadinata, Kelurahan Kotalama, Kecamatan Kedungkandang, Kota Malang.
Dulu, pada pertengahan Juli 1980, pemerintah, dalam hal ini Kantor Wilayah Jawa Timur memberikan kepercayaan kepada SMA Negeri 2 Malang untuk mengelola SMA Negeri 6 Malang. Gedungnya masih memakai gedung yang sama di Jalan Laksamana RE Martadinata. Saat itu, SMA Negeri 6 Malang masih memakai nama SMA Negeri 2 Filial (cabang).
Pada tahun 1980, turunlah SK (Surat Keputusan) dari Kanwil Jatim di Surabaya. Sejak saat itu istilah sebutan SMA Negeri 2 Filial resmi dihapuskan. Secara resmi, sekolah tersebut kemudian memakai nama SMA Negeri 6 Malang.
Pada saat awal terbentuknya, SMA Negeri 6 Malang memiliki lima kelas. Mulai 7 Januari 1981, dilaksanakanlah penjurusan sejak semester satu. Kelima kelas yang ada akhirnya dibagi menjadi tiga kelas untuk anak IPS (Ilmu Pengetahuan Sosial) dan dua kelas untuk anak IPA (Ilmu Pengetahuan Alam).
Sejak awal berdirinya SMA Negeri 2 Filial, jabatan kepala sekolah dirangkap oleh Drs. Abdurrahman. Namun, ketika kondisi kesehatannya menurun, maka ditunjuklah Drs. Cholid sang wakil kepala sekolah, untuk mengurus SMA Negeri 6 Malang sebagai Pejabat Pelaksana Harian (PDPLH).
Setahun kemudian, Drs. Abdurrahman dimutasi ke SMA Negeri 1 Malang dan SMA Negeri 2 Malang dipercayakan kepada Drs. Soejitno Hadi Saputro sebagai kepala sekolah. Di tahun yang sama, tepatnya 31 Januari 1981, SMA Negeri 6 Malang berpindah gedung dari Kotalama ke Buring. SMA Negeri 6 menempati gedung SMP Negeri 10 Malang yang ada di Jalan Mayjend Sungkono, Kelurahan Buring, Kecamatan Kedungkandang, Kota Malang. Jika siswa-siswi SMP Negeri 10 masuk pagi, maka siswa-siswi SMA Negeri 6 Malang masuk siang.
Sejak saat itu, SMA Negeri 6 Malang resmi berdiri sendiri alias lepas dari SMA Negeri 2 Malang. Santoso Prawirodiharjo menjabat sebagai kepala sekolah pertama. Namun, mereka masih tetap memakai gedung SMP Negeri 10 Malang sambil menunggu gedung baru jadi. Mereka menggunakan gedung tersebut hingga penerimaan siswa baru angkatan kedua di awal Juli 1981. Tak butuh waktu lama, September 1981 gedung baru yang dinanti-nantikan itu akhirnya jadi juga. Setelah itu, SMA Negeri 6 Malang resmi menempati gedung baru di awal tahun ajaran baru sekaligus memulai sejarah SMA Negeri 6 Malang yang baru.
